Snímek Anthropoid vychází z výjimečného skutečného příběhu vojenské operace za druhé světové války, jejímž cílem byl atentát na obergruppenführera SS Reinharda Heydricha. Heydrich byl po Hitlerovi a Himmlerovi třetím nejvýznamnějším mužem Třetí říše, hlavním strůjcem Konečného řešení a vůdcem nacistických okupačních sil v Československu. Vražedná a brutální vláda tohoto muže, přezdívaného „pražský řezník“, přiměla spojenecké síly v Londýně k naplánování přísně tajné mise s kódovým označením Operace Anthropoid, která se měla navždy zapsat do historie.
Film sleduje osudy dvou vojáků českého zahraničního odboje, Josefa Gabčíka (Cillian Murphy) a Jana Kubiše (Jamie Dornan), kteří provedou v prosinci 1941 výsadek do své okupované vlasti. Vybaveni jen omezeným množstvím informací a minimální výstrojí musejí v nacisty okupovaném a uzavřeném městě přijít na způsob, jak spáchat atentát na Heydricha, muže, kterého řada lidí vnímala jako Hitlerova přirozeného pokračovatele a nástupce.